El CJE nace de la asociación entre la Pontificia Universidad Católica de Chile y las universidades de Tarapacá, Magallanes, de la Frontera y el Instituto Profesional y Centro de Formación Técnica DUOC-UC. Su financiamiento principal proviene del Programa de Investigación Asociativa (PIA) de la Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (Conicyt) del Segundo Concurso Nacional de Centros de Investigación Avanzada en Educación, de 2016.